Dans la nature, le chien de prairie à queue noire se nourrit des parties vertes des plantes, principalement des graminées. Il commence par débroussailler toute la végétation autour de son terrier afin d’éliminer toute cachette potentielle pour les prédateurs. Le chien de prairie à queue noire est diurne. En temps normal, il est actif toute la journée, mais par temps chaud, il ne sort de son terrier que le matin et le soir. Durant la journée, il s’abrite du soleil dans des galeries souterraines. Pendant les hivers rigoureux, il reste dans son terrier pendant quelques jours, puis entre en torpeur pendant plusieurs jours. Il se nourrit alors des réserves de graisse qu’il a accumulées à l’automne. Les chiens de prairie vivent en immenses colonies dans des réseaux de galeries souterraines, appelées « villes », qui peuvent compter plusieurs milliers d’individus et couvrir plus de 40 hectares. Ces villes sont composées de plusieurs quartiers, appelés « quartiers », eux-mêmes subdivisés en plusieurs coteries, chacune constituée d’un groupe familial composé d’un mâle, d’une à quatre femelles et de leurs petits. Les chiens de prairie s’aventurent rarement loin de leur terrier. Ce sont des animaux sociaux qui saluent les membres de leur groupe par un « baiser », c’est-à-dire un contact de leurs museaux. Ils interagissent également en se toilettant mutuellement et en creusant des terriers ensemble. Enfin, ils communiquent par des vocalisations.